700 Jaar voor de gebeurtenissen van Ys I & II, was het land van de Ys op de rand van de vernietiging. Demonen kwam dwongen de tweeling Godinnen die het land regeerden om hun onderdanen weg te sturen van de oppervlakte, in de veilige omhelzing van de wolken. De demonen waren aanhoudend, maar daar kwam een enorme toren in achtervolging.